Engagé comme navigateur pour des pirates, Corto Maltese sauve la cible d'un raid, docteur Fukuda, un vieil homme gardant un trésor. A la mort de celui-ci, l'aventurier hérite d'un ouvrage mystérieux lié à Océan noir, une secte de nationalistes exilés au Pérou. Il part alors sur les traces du trésor, objet de toutes les convoitises.