Jacob Portman, 16 ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un orphelinat pour enfants « particuliers », il a côtoyé une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles.Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement bless